1917年11月，在陈炳焜被北京政府免职后，桂系决定由广惠镇守使莫荣新暂代广东督军。莫上任后与孙中山的矛盾有增无减，他曾十分蔑视地说：“孙某之政府，空头之政府也，彼无兵无饷，吾辈但取不理之态度，彼至不能支持之时，自然解散而去。”孙中山为了组建自己的武装力量，派人去广东各地招兵，但被莫荣新强力阻止，数十名招兵人员被捕杀。此事使孙中山极为愤怒，忍无可忍。1918年1月3日，孙中山致函莫荣新，要求莫承认军政府和其本人的地位及军事统率指挥权，并由军政府任命广东外交官员。当晚，孙中山率海军“同安”、“豫章”两舰，炮击位于广州观音山的督军署，以示对莫荣新的警告。1月9日，孙中山在广州各界茶会上解释其炮轰督军署的初衷是：“当陈炳焜督粤时，曾致电唐继尧，谓听军政府自生自灭。果其听之，犹可言也。今则愈逼愈紧，只许自灭，不许自生。如军政府欲行其职志，而事事掣肘。”故“炮击督署之事，实所以表公道、伸不平，而使军政府自辟其生路者也。”但即便是孙中山如此激烈的行动，也不能改变实力派军阀“掣肘”的事实，他也只能自下台阶，谓“莫督军勇于觉悟，绝不还炮，事后又承认军政府所要求之条件。是军政府既有生路，复何苛求之可言？且我对于莫督私交向来颇好。彼督未久，所行政令亦无劣迹可评。”实际上，莫荣新除了在口头上对孙表示歉意外，并未接受孙中山提出的各项条件，双方的矛盾关系依然如故。