已而前云南都督蔡锷，秘密入滇。[3]和督理军务唐继尧、巡按使任可澄，于二十三日发出电报，请袁氏取消帝制，限二十五日答复。届期无复。遂宣告独立。定军名为护国军。并通电，宣布袁氏伪造民意的证据。
护国军兴后，贵州首先响应。[4]五年，正月一日，云南成立都督府。推唐继尧为都督。以蔡锷为第一军长，李烈钧为第二军长。蔡锷即率师入川。
袁世凯闻护国军兴，派兵分驻上海和福建。又命原驻岳州的兵，择要进扎。而命张敬尧率师入川，龙继光以广东兵攻广西。北军在四川不利。而广西、广东、浙江、四川、湖南，先后独立。陕西为反帝制的兵所占。山东亦有民军起事。[5]而日、英、俄、法、意诸国，又先后提出警告，劝袁氏缓行帝制。袁氏派往日本的专使，日人又请其延期启行。[6]袁氏乃于三月二十二日，下令取消帝制。恢复黎元洪的副总统。[7]以徐世昌为国务卿，段祺瑞为参谋长。由黎、徐、段三人通电护国军，请停战商善后。
护国军复电，要求袁氏退位。并通电，恭承黎副总统为大总统。暂设军务院，设抚军若干人，以合办制裁决庶政。[8]六月六日，袁氏因病身故。遗命命以副总统代行职权。黎氏于七日就职。黎氏就职后，下令恢复临时约法，召集国会。国会于八月一日开会。旋重开宪法会议。并选举冯国璋为副总统。独立诸省，相继取消。军务院亦即裁撤。