玄学构建理论时，在方法论上十分强调思辨性。但是，由于受到传统的注重经验理性的思维方式的束缚，使玄学在自身发展过程中困难重重。因此，尽管东晋时期玄风盛炽，但无论是思辨高度，还是认识深度，在元康玄学的郭象那里已经达到了高峰，“独化于玄冥之境”的命题难以掩饰其本体论上的矛盾。这时，以高度思辨性为特征的佛教般若学的出现，无疑使得玄学家耳目一新。般若学的集大成者僧肇，少年时便潜心老、庄，因而在他的《不真空论》《物不迁论》《般若无知论》《涅槃无名论》等文章中，融汇了老、庄思想，使得玄学之士容易接受。更重要的是，僧肇以其长于思辨的才华，为玄学之士提供了一种充满逻辑魅力的思维方法，较好地解决了本体论的矛盾。这样，魏晋玄学便必然地吸纳了般若思想，将佛理融入玄学，以取他人之长，补己之短。
诞生于魏晋社会动荡环境中的玄学，时时想显示出自己的超越性。他们所说的“自然”，是用以超越名教的人类自然之性；他们对宇宙本性的玄思，是力图超越生命的时限，复归自然，使人的生命与自然融为一体。但是，玄学家最终却只能得出“生死如梦，听任自然（命）”的结论。也就是说，传统思维的局限与本体论的矛盾，使得玄学无法超越。佛教从万法虚幻、因缘而生的观点出发，强调生死无常、自然解脱、定入涅槃永乐的境界。显然，佛教完成了玄学无从完成的人的本体的超越。这就使得玄学去吸收佛教的这一思想。何况，佛教对人的生命的这一超越所带来的“现实社会苦海无边，彼岸世界其乐无穷”的宗教幻觉，能省却人们无数的烦恼与忧思。