听说要将他遣返原籍，李贽觉得这场真是该演完了。他一生两畏，一畏回乡，二畏回家，是绝对行不得的，于是，决定自杀，而且采用了近乎“行为艺术”的死法在内，也透出他必闹到别人目瞪口呆的风格。
1602年春天的北京城，那肆虐的风沙，显然比现在的状况还要糟得多。最虔信李贽的公安三袁之一的袁小修，写过一篇《游高梁桥记》，讲到与其兄袁中郎同去西直门外踏青，被沙尘暴刮回来的狼狈，“坐至丙夜，口中含沙尚砾砾”，可见风沙之烈，也可见彼时的中国人，尚无牙刷和刷牙这一说。就在同样的三月天，在通州北门外的迎福寺边，人们冒着扑面噎口的扬尘，草草地葬送了李贽。“行年七十六，死无一棺”（明陶望龄《歇庵集》），这倒也符合卓吾老子的一贯精神。
沙尘能将元大都的遗址，埋在地下不见踪影许多年，但是，掩埋李贽尸骸的那抔黄土，却遮挡不住他那“逆潮流”的精神。争议一直伴随着他的名字，讨论到明末，讨论到清初，褒者有之，贬者有之，官方封杀，民间传播，死了以后还要让人不安生，说明李卓吾一生没有白闹。
明末清初，一些在野的大学问家，对李贽的行径持反感态度。如顾炎武云：“自古以来，小人之无忌惮，而敢于叛圣人者，莫过于李贽。”如王夫之云：“王氏之学，一传而为王畿，再传而为李贽，无忌惮之教立而廉耻丧，盗贼兴。”稍后一点，在朝的王士禛也同样：“余素不喜李贽之学，其《藏书》、《续藏书》未尝寓目。近偶观之，其最害道者莫如《论狂狷》一篇。其言正如醉梦中呓语，而当时诸名士极推尊之，何哉？”更甭说编纂《四库全书》的纪晓岚和《明史》的张廷玉了，对李贽简直近乎唾弃了。