发酵条件主要包括原料和原料处理、温度控制以及用水比例等。书中指出，酿酒原料不论粗粮、细粮均可。首先要将原料淘洗干净，以淘汰杂质，保留糖化酶利用的淀粉。然后将原料分批装入瓮中，开始发酵。发酵的过程中，要注意调整和控制发酵温度，当温度过高时，须将原料“舒使极冷，然后纳之”[22]。这是一个要求十分精细的工作，不能疏忽大意。至于发酵用水和比例，则明确要求用中性水，书中指出：“收水法，河水第一好；远河者取极甘井水，水碱则不佳”，取水时间以“十月桑落初冻则收水酿者为上时”[23]，因为此时水流涨落比较稳定，水质清洁，污浊少。投水量根据曲酒的种类来调节，质量好的神曲投水量大，差曲则要少一些，如造神曲黍米酒，“曲一斗，水九斗，米三石。须多作者，率以此加之”[24]，而造笨曲春酒用“一斗曲，杀米七斗，用水四斗，率以此加减之”[25]。用现代微生物学知识来评价，上述工艺都是很合乎科学道理的。